发信人: zhangkx (木鱼子), 信区: Lixueyuan
标  题: 网站：生物信息学
发信站: 哈工大紫丁香 (2003年06月02日10:11:08 星期一), 站内信件


http://bioinfor.cicams.ac.cn/index.html

里面有一些专业软件、生物数据库、精彩文章等。

不知道对生科的同学又没有什么帮助？反正也不懂。
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专业软件：

生物学信息学软件（单机版）介绍
   1."★"表示本人对该软件的综合级别评价，对少数商业版软件只提供演示版; 
   2. 本栏软件均使用Winzip软件压缩，请使用Winzip解压缩后使用。 




★★★★ Antheprot 4.6b 下载 蛋白分析软件，功能很强大，可以提供一些物化参数、二
级结构预测，可以找出a-helix, b-sheet等区域，同源性比较等，甚至可以分析信号肽断
点、跨膜区域等。  

★★★★★ Antheprot 5.0 下载 主要修复了以前版本中Dot Plot的bug，并且以不同颜色
显示Dot plot 中的不同序列。 

★★ Bandleader 3.0 下载 凝胶电泳图象分析工具,电泳条带定量分析软件,用扫描仪将拍
下来的照片扫进计算机，然后就可以用本软件操作进行分析。 

★★ Bioedit 下载 BioEdit is a biological sequence editor that runs in Windows 
95/98/NT and is intended to provide basic functions for protein and nucleic 
sequence editing, alignment, manipulation and analysis.  

★★ Brd 2.4 下载 生物反应器（发酵罐）设计软件，269k，鼠标指向哪里，哪里就有提
示，主要是设计发酵罐的大小，搅拌器的位置、大小，液体流速密度、气体压强流速，计
算应消耗多少电力，输氧效率等因素  

★★★ Clustal X 下载 General help for CLUSTAL X (1.8) Clustal X is a windows 
interface for the ClustalW multiple sequence alignment program. It provides 
an integrated environment for performing multiple sequence and profile 
alignments and analysing the results. The sequence alignment is displayed in 
a window on the screen. A versatile coloring scheme has been incorporated 
allowing you to highlight conserved features in the alignment. The pull-down 
menus at the top of the window allow you to select all the options required 
for traditional multiple sequence and profile alignment. 

★★★ Cn3d 下载 观看蛋白质三维结构的软件，是由NCBI开发的。其设计的主要目的是为
NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件。与其他的类似的软件
，如Rasmol，Weblabview等相比，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式
上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建
立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎
调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在
一起直观地进行三维结构上的比较，如下图中是将两种核酸外切酶的三维结构通过VAST对
准得到的结构比较图：同样，Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访
问Genbank数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似
性的结构区域。 

★★ DNAClub 下载 DNA Club是一个简单的对DNA进行与PCR有关的操作的软件。它的功能
有： 1、输入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻译成蛋白序列； 4、查找酶切位点
； 5、查找pcr引物序列；6、设计PCR引物。 以上各种功能实际上是pcgene里面的一小部
分功能。而且可扩展性不大，如限制性酶不能增加等。 一般的序列处理功能。 

★★★★★ DNASis2.5 下载 为日立软件公司(Hitachi Software Engineering Co., 
Ltd.)开发的著名的综合性低级结构分析软件，曾以DOS版风靡全球，功能十分强大。包含
有大部分分子生物学软件的常用功能，包括DNA、RNA、蛋白质，甚至可以做质粒绘图，数
据库查找等工作。 

★★★ DNASsist 下载  免费且带完全功能(没有打印功能)的一个功能较强的核酸处理软
件并带有部分蛋白分析功能,功能介绍. 但有一个bug是:analyze->restriction 
mapping->select enzyme->restriction enzymes后点击选择一个酶,点击"add",点击"canc
al".这时会发现酶的列表中只有选择的那一个,其他的就不见了.另外我在安装后开始使用a
nalyze菜单中大部分功能时出现"GDI error"错误,但过了几天就好了.  

★★★★ DNATools 5.1 下载 与Omiga, DNAsis,PC/Gene等软件属于同一类的综合性软件,
操作简单功能多.最有特色的是居然有一个utility菜单,作者自己对软件的介绍.该软件简
单易用,包容性好，与其他软件相比,虽然二级结构预测缺少,但对一级序列的分析功能非常
多.强烈推荐.  

★★★ Endnote 下载  　  

★★★ Entrezz 下载  Entrez是NCBI用来在网络上查找生物资料的在线系统,只要能上网,
就可以在网上搜索找到相应的资料: 1.GenBank, EMBL, DDBJ 三大数据库中的DNA序列 
2.Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB数据库中的蛋白序列以及从核酸翻译的蛋白序列 3.基因组
以及染色体作图数据 4.由pdb衍生的三维蛋白结构,NCBI的Molecular Modeling 
Database (MMDB) 5.文献引用数据库中的引用数据 而Network Entrez(Entrezz)是一个客
户端程序,在连接上网的情况下,直接使用本程序可以完成与Entrez一样的功能. Entrez的
帮助文件 数据库的帮助文件 另外本软件下载后，会发现有向三大序列库报告序列软件seq
uinz的说明文件（手册）  

★★★★ Gene Construction Kit 2.0 下载 与大多数分析的软件不同，它管理并显示克
隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没
序列均可）。附有详细的使用帮助。建议所有分子生物实验人员和克隆策略人员备用。  

★★★★ Gene Construction Kit 2.0 final beta (beta 5) 下载 The Gene 
Construction Kit 2 has been designed to facilitate handling DNA in an 
innovative and intuitive way. This second generation program builds on the 
award wining Gene Construction Kit by incorporating the most requested 
features to create an interface and a set of functions that will 
significantly enhance productivity for molecular biologists. The backbone of 
the program is the construct, which represents the DNA sequence and all 
associated sites, comments, and history. The construct can be manipulated and 
analyzed using four types of windows in GCK2. Each window visible on the 
screen corresponds to a file on the disk. All manipulations of the actual DNA 
are carried out on the construct within the Construct Window. Restriction 
enzyme and other sites can be marked, regions of interest can be defined, the 
appearance of the construct can be edited within the Construct Window, and 
the construct can be displayed as linear or circular and either graphically 
or as a formatted sequence listing. Chronography allows you to keep track of 
the entire history of a construct and maintain different graphical and 
sequence views of your DNA. The List Window is used to create, maintain and 
edit lists of sequences of interest. The list may contain restriction enzyme 
recognition sites, protein binding sequences, linkers, etc. Cut sites can be 
defined for sequences in the list and comments may be associated with any 
item in the list. When list items are used to mark sites in the construct, 
the comments remain associated with the site. The Gel Window is used to 
simulate gel electrophoresis patterns. Any number of digests can be displayed 
in the Gel Window. Partial digests can be viewed and lanes can be cut and 
pasted within and between gels. Digests also can be viewed as tables of 
fragment size information. The Illustration Window is used to create 
documents for presentation or publication, and also can be used to track 
complex construction projects by placing multiple constructs in the same 
window. Graphics and text from Construct, List, and Gel windows can be pasted 
into an Illustration window and legends can be automatically generated. Once 
pasted into an Illustration window, constructs are separate from their 
original file, but can still be edited using all the tools normally available 
in the Construct window. The Illustration Window also contains a 
comprehensive set of graphical drawing tools for enhancing illustrations. 

★★★ Genedoc 3.2 下载 多序列编辑分析软件,用于分析生物分子中结构和功能之间的关
系。可以对DNA或蛋白作同源性分析，并示以进化树或绚丽的彩色图形。功能强大，操作复
杂。  

★★★★★ Genetool lite  下载 　 

★★ GeneTree 下载 分析生物进化同源关系的利器，可显示进化树，并示以复杂的交叉线
图谱。还可以连接到Blast server直接上网处理数据。 

★★★ Kest 5.1 下载 K-Estimator is a computer program that estimates the 
number of nucleotide substitutions per site (synonymous [Ks] and 
nonsynonymous [Ka] for coding regions, and overall [K] for noncoding regions) 
when comparing two aligned nucleotide sequences, both protein-coding and 
noncoding. Confidence intervals of the divergence estimates are obtained by 
Monte Carlo simulation. 

★★★★★ LaserGene 99 下载 又名DNAstar，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接
和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较
；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。  

★★ Macaw 2.05 下载 多序列构建与分析软件。从大量的蛋白序列与DNA序列数据中显示
类似的分子结构与生物特性。运用统计学方法，利用一定的运算规则，使用计算机来查找
这些片段。  

★★ Molmol 2.5 下载 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。只是要
学会很麻烦，幸亏有完整的说明和教学文件。两个文件都要才可以用。 

★★★ Mmp 下载 本软件将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来，包括8个代谢途
径（如糖酵解、三羧酸循环）、大量的生化分子在合成与分解中的作用（在生化代谢中的
位置）、代谢中各种酶在各种途径的什么位置中起作用。  

★★ MSISaver 下载 一个简单的屏保。 

★★★★★ Oligo 5.0
 下载 大名鼎鼎的PCR引物、测序引物以及杂交探针设计软件，其引物设计及分析功能无与
伦比。 

★★★★★ Oligo 6.40 下载 New Features and Enhancements

Compared to the version 5, OLIGO 6 has several changes. The major 
enhancements are listed below.

Consensus Oligo Search

This feature allows researchers to select primers or probes which target 
multiple sequence files across given organisms or gene families. This 
function will facilitate selection of consensus primers, a feature which our 
diverse user base has indicated is of great importance to their research.

Elimination of frequent sequences (a new type of subsearch for primers)

A subsearch has been developed that avoids frequent sequences (found in 
different subsets of GenBank) at 3' ends of the primers. This improves the 
chances of finding a non-false priming primer. 

Enhancements to the search for Primers & Probes protocol

The primer and probe search protocol allows the user to "lock" every 
parameters such as, Tm range or 3' stability ?G settings, so that the 
automatically change stringency setting, which incrementally relaxes each 
parameter, is more controlled during a search. In addition, the user can 
choose to balance PCR Primers according to the priming efficiency number 
rather than Tm which has been shown to provide better amplification results. 
The priming efficiency algorithm has been slightly modified.

Save Your Work

The new Save Your Work feature allows each user within the laboratory to save 
every screen in the program and return to the identical data at a later time. 
A related feature allows each user to save customized parameter settings for 
specialized applications.

OLIGO Back Up

OLIGO version 5 did not allow for making back up copies of the registered 
program. This created problems for users who had hard disk crashes or 
automatic back up systems. Registered OLIGO 6 software is possible to back 
up, so you don't need to ask us for a new access code each time when 
something wrong happens to your computer, but only you need to re-load the 
backed up copy. The procedure works if you back up the entire folder and not 
separate components. If there is a problem with a disk space, back up 
individual OLIGO sub-folders to one disk(s) and the remainder to another disk 
(a hidden file, Oligo.code, containing the registration info. must be copied).

Improved features

The improved graphic features for the new version allow screens to be 
displayed in either a bar or a dot graph. Secondly, DNA primers may contain U 
residues, so that you can design oligos that can be digested with uracil 
hydroxylase. Thirdly, more information is displayed in certain windows, such 
as priming efficiency number in the Key Information, PCR window, and Tm in 
the database. 

★★★★ Omiga 2.0 下载 Omiga 2.0具有大部分对核酸蛋白的序列分析功能。作为强大的
蛋白质、核酸分析软件，Omiga还可以设计引物。其主要的功能包括：编辑、浏览、蛋白质
或核酸序列，分析序列组成等；用Clustal. W方法进行同源序列比较，发现同源区；核酸
序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的
读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列；查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开
放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic 
Sites）、基元、二级结构等。 

★★★ PCR 下载 有趣的屏保，显示PCR的过程。 

★★★★★ Peptool lite 下载  

★★★ Plasmid Premier 2.0 下载 用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，
质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（P
lasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和基元分析窗口（Motif）。  

★★★ Pov-Ray 下载 一个将pov格式文件计算后显示出图片的软件。这个软件相当于一种
语言，如c语言，pov格式文件相当于c语言源文件，显示出来并存盘的图象相当于已经编译
好的可执行文件。修改pov格式文件，可以定义光源、摄像机、材质、阴影等因素（怎么象
photoshop），把生物分子的表面用材质填充，根据光源、摄像机得到分子三维图的一个角
度的图，缺省状态存盘为bmp文件，分辨率最大可达1280*1024。在其help中有详细的语言
写法的帮助。  

★★★★★ Primer Premier 5.0 下载 专门性的引物设计软件, Premier公司开发的系列
软件之一，也是其中最有名、好用的软件，包括一般引物和简并引物设计，限制酶分析,核
酸蛋白对应翻译,特定序列(motif)查找 Align序列排列  

★★★ Prsed2 下载 ProMSED2, Windows application for both automatic and 
manual DNA and protein sequence alignment, editing, comparison and analysis.  

★★★ Rasmol 2.7 下载 2.7.1版本与以前的相比较有以下改动： 1.在点线模式和棍棒模
式显示时自动标记非成键原子 2.使用成比例字体大小。 3.自动检测PDB vs. CIF、mmCIF
数据。 4.更详细的用户手册和帮助文件 5.报告坐标 其他一些改动，详见原始网页. 
RasMol_2.7.0 是一个观察蛋白质、核酸和小分子结构的分子观察程序。本程序的主要目的
是显示和生成高质量的分子图像文件。RasMol运行于微软视窗操作系统，苹果麦景涛，以
及UNIX VMS系统。UNIX和VMS系统需要8位、24位或32位色彩的X Windows (X11R4 或更新系
统)。本程序读入分子坐标文件，在屏幕上按各种配色方案和分子显示模型交互显示分子。
现在分子的显示模型有点线模式、棍棒模式、球体模式、球棍模式、成带模式、网带模式
、板带模式，原子标记和点状表面模式。. 可以通过在命令行键入命令来获得最佳显示效
果.help <主题>,help <主题> <亚主题>来获得帮助,键入会得到一份完整的命令清单。  

★★★★ Reference Manager 下载 比EndNote还好的在线专业资料查找系统，EndNote有
的功能它都有，在很多方面非常体贴用户。如直接在WORD中查找资料，插入引用，资料内
容和记录分上下两个屏幕（不用在引用时多窗口切换），如有全文或想连接网络时点击一
个键就可以了，对引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能...安装完毕后，WORD和WO
RDPERFECT菜单有变化。在WORD的工具目录增加自己的菜单，并有一工具条。还可在线查找
资料并做保存。（强烈推荐，必备）  

★★★★★ RNAdraw 1.1 下载 RNAdraw是一个进行RNA二级结构计算的软件。 
1.RNAdraw 是windows下的多文档窗口(multiple document interface)软件，允许你同时
打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭
文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。主窗口底部状态栏最左边的
方框显示鼠标所在的菜单命令的提示信息，而右边三个方框提供了当前激活窗口内容的信
息。 2.RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所
指向的对象/窗口可以使用的功能列表。 工具条上的两个按钮打开即时帮助（左边的按钮
）或当前激活窗口的帮助（右边的按钮） 3.RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方
式来组织你所有的RNA数据文件。用户定制RNA文库（Customize RNA Library）工具条/菜
单选项可以让你打开一个窗口，使用右键菜单可以增加/移动/删除文库条目通过工具条上
能量参数按钮或右键菜单计算前的选择项.右键能量参数菜单包括恢复/重新设置数值、保
存/载入参数方案等功能。 4.在RNAdraw中可以导入以下格式的文件: - DOS/UNIX文本文件
可以导入到序列编辑窗口和序列信息编辑窗口。 - GenBank查找的结果文件可以导入到RNA
draw. 不同的组成内容会被放到相应字段中去。 - RNAfold结构计算输出文件可以当成新
文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以利用UNIX 强大的计算功能来计算，然后
用RNAdraw来处理结果。 - Mfold关联Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以
当成新文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以用M. Zukers不同版本的mfold程
序来计算最佳的结构然后用RNAdraw来处理结果。 RNAdraw可以导出以下格式文件： -序列
可以导出为文本文件或拷贝到剪贴板 -二级结构可以导出为.ct (connect) 文件 -热力学
曲线导出为一个由两列数字组成的文本文件 -结构/矩阵/热力学曲线/概率柱状图可以导出
为： -Windows位图文件(.bmp) -Windows 标准/ 便携placeable (推荐，在许多应用程序
中经常使用)/增强(Win32 only)图元文件, 这样可以将结构图插入到诸如微软Word之类的
文件中  

★★★ RNAstructure 3.5 下载 根据RNA的一级序列,进行二级结构分析并作图  

★★★ Seqverter 1.3 下载 本软件是一个文件格式转换工具，其功能有： 1.同时打开多
个文件 2.查看文件中的序列 3.只对文件中序列子集进行格式转换 4.合并多个文件中的序
列为一个文件 5.可以将多序列文件中的单个序列保存。 该软件支持的格式有： 单序列格
式文件：ABI(只能导入，不能导出这种格式)、DNAStar/DNA/Lasergene（包括EMBL,GenBan
k)、IBI/PUSTELL、SCF (只读不写) 多序列格式文件：Clustal、DNAStrider、EMBL(只读
不写)、FASTA、GenBank、NEXUS、MACAW(只读不写)、MSF、PHYLIP Interleaved、SWISS-P
ROT(只读不写) 该软件还有一个在线升级按纽，可以在线升级以认识新格式的文件。  

★★★★ SP 2000 下载 　 

★★★ Squein 2.9 下载 一个用于向三大序列库GenBank,EMBL,DDBJ递交序列的辅助程序
。可以直接在网上填写递交序列，也可以在本地填写，生成相应格式的文件，然后用email
发过去。在本地生成文件时，采用向导方式。当然要是连在网上的话，也可以从网上下载
数据文件。  

★★★★ SwissPDBview 下载 　 

★★★ Visual Sequence Editor 1.1 下载 1.可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白序列 
2.将所有程序打包成一个库文件 3.可以输入输出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBan
k/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本
 4.可以直接读取MACAW的文件，并能将各序列中的同源顺序标出 5.根据遗传密码（可以自
定义）读出一种或六种阅读框 6.查看的字体大小，字母间隔等灵活可调 7.模糊查找特定
序列 个人认为将此软件当作基因库、蛋白库较好，可以在常见的格式中任意转换。本软件
的缺点是存盘时不会自动给你加上特定的扩展名，整个文件的全名都必须手工输入。据说
是30天共享。 

★★★★ Vector NTI Viewer
 下载 Vector NTI Viewer 虽然只是一个载体查看软件，但其功能易用方便，值得推荐。 
1.输入文件格式广泛，除了molecule documents(.gb)是该公司本身文件格式外，还能识别
各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 2.全部或部分序列可以
拷贝到剪贴板，提供给其他程序使用 3.载体图像可以拷贝到剪贴板上供给其他程序使用，
或直接存盘成.wmf格式图像文件。 4.可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描
述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。 5.整个界面由文本、图形和序列三部分构成
，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便
，这点很值得推荐。 6.载体可以圆形表示也可以线形表示。 7.进行核酸到蛋白的翻译。 
8.图形可以放大缩小。  

★★★★★ Vector NTI Suit 5.5 下载  功能十分强大，价格高昂。它以美观的界面，友
好的操作方法在分子生物学界享有盛誉。作为一种多功能的分子生物学应用软件，它可以
对DNA，RNA，蛋白质分子进行大量的分析和操作，主干部分Vector NTI可以对DNA，RNA，
蛋白质分子进行大量的分析和操作，自带常规核酸、蛋白序列数据库，分支软件AlignX作D
NA或蛋白的同源分析以及Bioplot 进行DNA对蛋白或蛋白对DNA的同源分析。  

★★★★★ Vector NTI Suit 6.0  下载 VNTI 6 is a significant update of the 
VNTI suite. Most notably there is increased support for Internet connectivity 
with hyperlinks much like those found on Web pages. There are a fair number 
of new programs which now includes a 3D structure viewer, 3D Mol. Some 
functions that were integrated in one program have been split into two. There 
is increased support for BLAST searches and using literature references. 
　 

Changes to existing programs
VNTI
The database explorer is no longer part of the VNTI module, but is now a 
separate program. VNTI is one of the components that supports the new 
Internet Connectivity of the suite, where cross references to other databases 
are active links to information on the Internet. Clicking on the links will 
open the web browser or opens the molecule in VNTI, depending on the context 
of the link. A taxonomy link for instance, opens the NCBI taxonomy browser in 
a web browser, but clicking on the accession number of the parent molecule of 
a construct will first download the molecule from the NCBI server and then 
open the molecule in VNTI. Some minor other changes to the VNTI module 
include the possibility to save the sequence pane formatting with the 
molecule and a simplified Open/Save mechanism.



AlignX
The matrix editor is no longer part of AlignX, but is now a separate program.



BioPlot
No significant changes in Version 6.



ContigExpress
ContigExpress has a number of small enhancements including optimization of 
the assembly algorithm resulting in an approximate 2X speed increase, the 
ability to add and edit comments to objects in the project manager, manual 
editing of the assembly, ability to insert or remove gaps in both fragments 
or consensus after assembly, and several improvements in speed after editing 
functions.



License manager
The license manager has an improved interface and is now the only place where 
license information can be changed. It has an integrated test utility to test 
the DLS network connection, to help in troubleshooting DLS related problems.



New Programs
Database explorer
The database explorer, which was once part of the VNTI module, is now a 
separate program. The main new feature is support for BLAST results and 
Literature Citations. Support for literature citations make the VNTI suite a 
complete Bibliographic package, much like EndNote etc., but with integrated 
search facilities (PubMed-Entrez Search). It can be used to insert references 
in documents when writing a journal article or other document and it can 
format those citations in more than a 100 journal specific styles. Citation 
are copied in the document as temporary tags and after the document has been 
finished, the document is converted and the temporary tags are replaced with 
the journal-specific style and a list of references is appended to the end of 
the document.

Other changes include a new mechanism to arrange subsets in the subset pane 
and additional user defined fields that include links to Internet documents.



PubMed-Entrez Search
This program is a client for doing literature and sequence searches using the 
PubMed-Entrez system, using a convenient interface. The query can be saved 
and results can be stored in the database and viewed in VNTI or the Citation 
viewer.



Citation Viewer
The citation viewer can display the citations found with the PubMed-Entrez 
Search program stored in the database.



BLAST search
A client program to start BLAST searches at the NCBI (or a local) site using 
a convenient interface. The BLAST results can be viewed with the new BLAST 
Search Results Viewer and stored in the database. If the customer has a local 
implementation of a BLAST server (like that provided with VNTI Enterprise), 
this local server can also be used to perform the BLAST search, but VNTI 6 
does not include a BLAST server itself.



BLAST Search results viewer
The results that are returned by the BLAST search program can be viewed with 
the new BLAST Search Results Viewer. The Viewer will show several plots 
indicating the similarity distribution. Molecule hits can be retrieved and 
viewed with VNTI by clicking the link to it. The entry will be retrieved from 
the NCBI site and opened in VNTI.



3D MOL
　 

A new 3D protein viewer program has been added, called 3D MOL. Overall 
functionality is similar to the freeware program RasMol, but with many 
enhancements in the ability to select, mark, and view specific atoms or 
features on the protein. It also displays the sequence and features of the 
protein, a feature not found in RasMol. Later versions will have 
significantly improved features not found in any other free program. This 
program is currently offered as a "free" addition to the full Suite II and is 
NOT available separately.



AlignX Blocks
　 

This utility is a tool that can find blocks of similar regions in protein 
sequences. It does not actually align the sequences (automatically? Although 
it can be done manually) like AlignX, but only identifies similar regions 
(without gaps) in the protein sequences. These motifs can be saved. This is 
similar functionality to the old freeware program "Macaw" available on Mac 
and Windows platforms



Back Translate
The back translate utility can produce a DNA sequence from a Protein 
sequence, by reversing the translation process. The codon usage information 
of several organisms can be used in the calculation and the level of 
ambiguity can be set on a sliding scale from not ambiguous to completely 
ambiguous.



Matrix editor
Formerly part of AlignX, now a separate program. This utility will allow the 
user to create and edit scoring matrices used by AlignX and AlignX Blocks. In 
addition, it features the calculator for the Lambda and Kappa parameters used 
in calculating the statistical significance of high-scoring segments or 
sub-alignments.



GCG File converter
A utility to convert GCG formatted files into a format that VNTI can read.



Tools manager
The menu bar of all VNTI programs can be extended with custom menus. The 
Tools manager can be used to set up the menus. The menu items can be any 
program or script and parameters and data from VNTI can be passed to the 
programs. The menu items can be made active depending on the type of data 
currently selected, so only the menu items that pertain to the item that is 
selected in a VNTI program will be active. 
 
★★ Winplas 2.6 下载 一种质粒绘图软件商业版的演示版，比较好用，但只能用于Windo
ws 95/98，不能用于Windows 2000和Windows Me。可以使用屏幕拷贝程序联合使用。  
 
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如果想要飞得高 就该把地平线忘掉
闭上你的眼
不停地去感觉
不停地去创造...... 

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