Biology 版 (精华区)

发信人: zjliu (秋天的萝卜), 信区: Biology
标  题: Internet 上生物信息资源
发信站: 哈工大紫丁香 (Mon Apr  5 22:19:12 2004), 站内信件

发信站: 南京大学小百合站  

随着信息科学技术的发展,文献载体的多样化,人们获取
信息的方式发生了很大的变化。尤其是生物学信息的飞速增
长, Internet 上的生物信息资源日益丰富,许多大专院校、生物
学研究机构和信息企业不断推出生物学信息搜索引擎,一些
著名的生物学数据库也纷纷入网。充分有效地利用Internet
上这些生物网络信息资源,对生物学专业的发展及促进生命
科学的研究将产生不可估量的影响。本文在收集整理国内外
大量生物学网址最新资料的基础上,按信息资源分类精选了
一些有影响的生物信息资源相关站点,以供生物学领域教学、
科研人员参考使用。
1 　生物信息搜索引擎
　111 　哈佛生物信息搜索引擎http :/ / golgi. harvard. edu/ 　
哈佛大学分子与细胞生物系主办,汇总了Internet 上生物学
领域的所有知识,将生物资源分为生物学相关机构、在线杂
志、模式生物学数据、分子生物学数据、软件等几类,收录很全
面。
　112 　Pedro 搜索工具http :/ / www. public. iastate. edu / pe2
dro/ research- tools. html/ 　这是一个非常直接的搜索引擎,包
括文献检索、生物分析和帮助三大部分,其中每个部分按英文
字母顺序列举了上百个站点的超级链接,通过超链接可直接
进入所需网页。
　113 　德国基因和分子生物学搜索引擎http :/ / bioinfor2
matcs. weizamann. ac. il. index. html 　该搜索引擎的特点是以
FAQ (Frequent Ask Question) 见长,可解答用户查询生物信
息遇到的各种常见问题,非常适合初学者使用。
　114 　Sequence Retrival System (SRS) http :/ / www. ebi. ac.
uk/ srs 　英国功能强大的生物信息检索系统,可检索45 个数
据库,而且可将这些数据库整合,通过超链接在不同数据库间
跳跃浏览。
　115 　BCM 分子生物学资料搜索http :/ / search. launcheer.
bcm. tmc. edu/ 　非常全面的在线生物学链接工具,包括核酸
序列查询、蛋白序列查询、种类特异性蛋白序列查询、基因特
性查询、序列工具,蛋白二级结构预测等。
　116 　生物猎取Bio - Hunt http :/ / www. expasy. ch/ BioHunt
　瑞士生物信息学院的蛋白质分析专家系统,在线生物网站
查询系统,用户可通过关键词及其逻辑关系,并限定时间和国
家,查询相关网站的有关信息。
2 　数据库类信息资源
数据库是生物信息的主要内容,现今世界各地纷纷建立
了生物信息数据库,其数量呈爆炸性增长,几乎覆盖了生命科
学的各个领域。目前, Internet 上检索最多的几个数据库分别
是核酸数据库、蛋白数据库、基因数据库和文献数据库等。绝
大多数网上生物信息数据库中的信息资源可以免费检索或下
载。表1 综合了几种代表性的生物信息数据库网站及其内
容。
3 　生物学专业网站
　311 　生物学http :/ / www. biology. com/ 　该网站是生物学
的英文门户网站,提供生物学领域的所有信息,支持Internet
上的重要生物信息的相互交流,并提供网上有关的信息讨论
等。
　312 　生物世界http :/ / www. bioworld. com 　生物世界是
最大的生物技术和信息资源之一,支持关键词、主题和刊名以
及分类检索。
　313 　生物在线http :/ / www. bio. com/ os/ stard/ home/ html
　包括最新的研究成果、生物工程报告、生物投资调查、生物
工具、生物杂志及求职等栏目,提供超链接,可通过关键词等
检索。
　314 　生物通http :/ / www. ebiotrade. com 　中文生物门户
网站,包括最新的科研动态、研究成果、生物工程报告、学术交
流、生态环境、科普新闻、技术疑难、综合论坛、生物资源、电子
杂志等。支持关键词检索。
　315 　生物空间http :/ / www. biospace. com 　栏目有生物领
域的最新重大事件,出版物,网上生物站点,北美生物技术目
录,有关生物技术学术团体等。可按照信息源、新闻、疾病、公
司、事件、词汇等分类查询,也可按照专家查询。
表1 　常用的生物信息数据库网址及其内容
名称URL 地址　　　　　　　内　　容
EMBL http :/ / www. ebi. ac. uk/
欧洲分子生物信息学实验室于1980 年创建的
核酸序列数据库,1994 年9 月随着欧洲生物信
息研究所在英国剑桥建成,包括很多子库。
http :/ / www. ncbi. nlm.
nih. gov/
美国国立卫生院全国生物技术中心核酸序列数
据库,可提供科研人员免费检索有关基因工程
和生物技术方面所有资料。
http :/ / www. ddbj. nig.
ac. jp/
日本国立遗传学研究所于1986 年创建的日本
DNA 数据库(DNA Database of Japan - DDBJ) 。
http :/ / www. expasy. ch/
sprot
瑞士日内瓦大学蛋白序列数据库,是创建最早、
使用最广泛的数据库之一。序列经过严格的审
核,注释完善,但数据量较小。
http :/ / www. pdb. bml.
gov
美国布鲁克海文实验室(Brookhaven) 蛋白序列
数据库。
http :/ / www. nbrf.
georgetown. edu/ pir/
PIR 也是创建最早、使用最广泛的数据库之一。
序列未经实验证实,注释不完善,但数据量较
大。
http :/ / www. biochem.
ucl. ac. uk/ bsm/ dbbrows2
er/ owl. html
非冗余蛋白序列数据库,采用了某些序列取舍
的标准,使用了一定的算法,并增加了与其它数
据库的交叉引用。
GDB http :/ / gdbwww. gdb. org
一个专门汇集存储人类基因组的数据库,包括
了全球范围内致力于人类DNA 结构和10 万种
人类基因序列研究的分析成果,包括基因、克
隆、断裂点、细胞遗传标记物等数据资料。可通
过名字/ GDB ID、关键词、DNA 序列ID 查询。
http :/ / www. negr. org/
research/ sequence/
美国国家基因组资源中心的基因组序列数据
库,收集了DNA 序列数据和有关信息,由该主
页可进入基因组序列库及其它几套完整的细菌
基因组等。
http :/ / ars - genome. cor2
nell. edu/
美国农业基因组信息服务系统,包括农作物与
牲畜品种的基因信息,另外还提供了分析基因
组的各类工具软件,还链接了其它基因数据库、
会议、出版物等。
INE
http :/ / www. healthgate.
com/ healthgate/ medline/
searchadvanced. shtml
美国国立图书馆创建的文献数据库,收录了从
1966 年至今40 00 多种生物、医学期刊,可进行
关键词和作者检索。
OCLO http :/ / www. oclc. org
联机计算机图书馆中心,目前世界上最大的文
献信息服务机构之一。其中收录的有关生物学
信息的数据库有: a. 基础生物学数据库。记录
了1994 年以来的375 中生命科学的核心期刊。
b. 生物文摘数据库。该数据库内容覆盖了所有
生物科学领域,主要服务对象是学生和对生物
学感兴趣的非科学家。两种数据库均为月更
新。
OMNI Http :/ / omni. ac. uk
英国OMNI 数据库。一个高质量的生物医学网
络资源,内容包括医学、生物医学、生命科学、健
康等领域的信息。数据库内容每周更新。
4 　Internet 上在线生物学文献
　411 　中国期刊网(http :/ / www. chinajournal. net . cn) 　收
录了从1994 年至今的所有生物学领域的专业及核心类期刊。
支持逻辑组配检索,可免费检索题录信息,下载全文、摘要需
注册。查全率和查准率都很高。
　412 　万方数据资源系统(http :/ / www. wanfangdata. com.
cn/ ) 　其“数字化期刊子系统”收录的期刊覆盖了理、工、农、
医、人文等5 大类的70 多个类目的核心期刊及专业期刊全
文。包括90 %以上的生物学期刊。可用于分类检索,也可通
过刊名、标题、作者、关键词等途径检索。通过注册成为会员
以后,即可查阅所需的全文或摘要信息。
　413 　国家科技图书文献中心(http :/ / www. nstl. gov. cn/ )
　该中心以中国科学院图书馆、中国科技信息研究所、机械工
业信息研究院等九家单位图书馆的馆藏资源为依托构成的一
个虚拟机构。提供中、外文期刊、中、外文会议论文、中文学位
论文及外文科技图书等文献服务;二次文献数据量突破500
万条,可24 小时免费联机检索该网站的各种文献。索取全文
需要注册收费。
　414 　在线部分免费杂志
《cell》http :/ / www. cell. com
《Nature》http :/ / www. nature. com/ nature
《Nature Structural Biology》http :/ / www. nature. com/ nsb
《Developmental Biology》http :/ / www. idealibrary. com/ cgibin/
links/
通过以上所列的相关网址,即可获取这些期刊的部分文
章全文,若要获得这些期刊的全部内容,还需进行在线订阅。
5 　学术交流类
Internet 上有上千个与生物学有关的消息组,每个消息组
以某一研究领域为主题,活跃的专题讨论组就像一个没有围
墙的专家系统,能够对一些专家系统迅速作出反应,有些用户
还会公布实验中的创新成果,较好的消息组不仅是信息交流
的场所,还提供大量信息。如细胞因子消息组( http :/ / bioin2
formatics. weizamann. ac. il/ cytokine) 的主页上汇集了杂志、产
品、会议、通知、网址等信息,可以说是细胞因子的百科全书。
除专一主题的消息组外, Internet 上还有大规模的生物学
家电子论坛,如由美国科学基金会于1991 年创立的BIONET
和BIOMOO.BIONET (http :/ / www. bio. net) ,可使全世界的
生物学家利用网络进行交流,他根据不同专题分为几十个消
息组,用户可以E - Mail 的形式参与消息组的活动,这种电子
论坛相当于虚拟会场,是Internet 上广大生物工作者聚会的
最佳场所。
6 　大专院校,科研机构类
国内、外主要的大专院校及科研机构都有自己的网页,含
有介绍生物领域的有关信息,用户可根据自己的需求登陆其
网站,获取所需信息。一般情况下,这些大专院校和科研机构
的网址可从搜索引擎或教育科研网(http :/ / www. edu. cn) 中
查找。
7 　有关生物软件下载网站
　711 　中华生物软件网( http :/ / www. biologysoft . com/ de2
fault . asp) 　主要定位在半电子商务类,分为免费下载区和会
员下载区,可下载常用的生物软件。
　712 　生物软件网(http :/ / www. bio - soft . net) 　这是一个
非常不错的生物软件网站,生物相关软件非常丰富,而且分类
详细,查找也很容易。　713 　生物化学下载天地( http :/ / biochemsoft . biosino.


org/ ) 　提供各种生物化学软件下载,完全免费。
除以上介绍的七种获取生物信息的渠道以外,常用的一
的生物信息资源。另外,一些化学化工网站也收录了部分生
物学领域交叉学科的信息。
Internet 上的生物信息资源非常丰富,且以几何级的速度
增长,本文仅列出了其中的一部分,希望对广大生物工作者利
用Internet 查找生物信息资源有所帮助。



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