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发信人: zjliu (秋天的萝卜), 信区: Chemistry
标  题: 用molekel看nbo轨道
发信站: BBS 哈工大紫丁香站 (Mon Jun 13 16:19:43 2005)

发信人: qchem (Quantum), 信区: Gaussian
标  题: molekel看nbo轨道
发信站: BBS 大话西游站 (Mon Jun 13 11:14:53 2005), 转信

对于Gaussian 98
首先gaussian的输入文件里要有pop(full,nboread) gfprint关键词
输入文件最后要有$nbo plot $end
在$nbo里可以不加file关键词，则得到FILE.31 --- FILE.41的文件
其定义为：
31 AO
32 PNAO
33 NAO
34 PNHO
35 NHO
36 PNBO
37 NBO
38 PNLMO
39 NLMO
40 MO
41 AO density matrix

Localized and Delocalized Orbital Basis Sets
Label   Type (orthogonal)

NAO     Natural Atomic Orbital
NHO     Natural Hybrid Orbital
NBO     Natural Bond Orbital
NLMO    Natural Localized Molecular Orbital
MO      Molecular Orbital (canonical; delocalized)

Label   Type (non-orthogonal)
AO      Atomic Orbital ("the" basis set of host electronic structure system).

PNAO    Pre-orthogonal* NAO
PNHO    Pre-orthogonal NHO
PNBO    Pre-orthogonal NBO
PNLMO   Pre-orthogonal NLMO

*The pre-orthogonal orbitals (lacking only the final interatomic
orthogonalization step of the NAO algorithm) resemble the idealized
"textbook"
shapes and their overlaps suggest the qualitative strength of orbital
interactions.

用molekel载入gaussian的输出文件
如果要看NBO轨道，则把FILE.37改名为FILE.37.orb，再用molekel再载入之
（说明：jokemin兄说FILE.47，我想是他手误吧，FILE.47要用archive才可以生成的，
而看
轨道应该不需要这么做的）
然后，单击右键---compute---orbital
弹出select orbital对话框，选择你要看的轨道（注意：它显示的那些本征值和占据值
似乎
是没有意义的），比如第一个轨道
点Accept，弹出file browser对话框
输入一个文件名（注意：在输入文件名的地方，光标键是不起作用的，可以用鼠标将光
标定
位于最前端），这个文件是molekel的surface文件，以后可以再次load的
点Accept后，主窗口中就显示了你所选择的轨道的图

如果加了file=XX，则FILE.*文件名变为XXLE.*，原因是所生成的文件的文件名要在4的
字母
及以上，不够4个字母的话，后面就和FILE一致

molekel不明确支持g03，如果使用g03需要做一些修改，在Gaussian的主页上有说明。
（1）gfprint用gfoldprint代替
（2）编辑Gaussian的输出文件，把
*********************************************
Gaussian 03:  x86-Linux-G03RevB.03 4-May-2003
                  13-Jun-2005
*********************************************
改为
*********************************************
Gaussian 98:  x86-Linux-G03RevB.03 4-May-2003
                  13-Jun-2005
*********************************************

molekel的效果比NBOView好象是要差点，或许是我不会处理的结果
http://bbs.fudan.edu.cn/upload/PIC/1118634304_molekel-nbo1.jpg
http://bbs.fudan.edu.cn/upload/PIC/1118634320_NBOView-nbo1.gif

相关链接：
NBO主页上NBOView的帮助
http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/v_manual.htm
做的Methylamine的例子
http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/tutorial.html
NBO 3.0的手册
http://kekule.osc.edu/cca/software/MS-WIN95-NT/mopac6/nbo/index.shtml
molekel看Gaussian输出的轨道
http://educ.gaussian.com/visual/Orbs/html/OrbsMolekel.htm
molekel的手册
http://www.cscs.ch/molekel/manual/manual.4.3.html
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※ 来源:·哈工大紫丁香 http://bbs.hit.edu.cn·[FROM: 202.118.229.*]

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