Chemistry 版 (精华区)

发信人: zjliu (秋天的萝卜), 信区: Chemistry
标  题: 量化程序COLUMBUS 5.7版的简易安装和使用说明
发信站: 哈工大紫丁香 (Wed Jun 11 17:01:37 2003)

    这是量化程序COLUMBUS 5.7版在PC机Linux上简单的安装和运行方法。如果你即不
精通Linux，又不想看COLUMBUS自带的冗长的README.1ST文件，就看这个吧。
    1. 计算机上必须安装有Linux。我用的是RedHat Linux 7.0，建议用这个。其他牌

子的Linux，包括单张的RedHat Linux 6.2，我几乎都试过，编译器大多不全。安装Red

Hat Linux 7.0的时候要选择Custom System安装发式，并且选则开发工具。安装完毕，

重新启动，检查一下是否安装上了perl，egcs和GNU工具（分别使用命令which perl，w

hich egcs和which gunzip，可以给出路径）。此外还有版本要求，如果安装的是RedHa

t Linux 7.0，版本肯定是满足要求的。
       此外还有个内存问题。linux最多只认64兆内存，解决方法大多数使用过linux的

人都知道，这里不讲。
    2. 获得COLUMBUS 5.7程序。COLUMBUS位于匿名ftp服务器：ftp.itc.univie.ac.at

，目录为pub/quant/COLUMBUS/Columbus.5.7（已经放在化学系ftp服务器202.113.28.2

上了）。如果你想成为COLUMBUS正式用户的话，去其主页下载申请书，填好并打印，按

照主页上提供的地址寄信给他，接到确认的EMAIL就行了。
       注意，是COLUMBUS、DALTON两份申请书，并且都要寄到COLUMBUS的地址。我当时

理解错了，把DALTON的申请书寄到了DALTON的地址，结果编写COLUMBUS的那个教授非要

我把DALTON申请书用传真发过去。他的敬业精神实在令人感动，但是发传真费了我一大

笔钱。
       COLUMBUS 5.7包括：
       tools.cpan.tar.gz         Curses.1.05, perlmenu.v4.0, perl.5.005_03
       tools.lapack.tar.gz       LAPACK, BLAS
       tools.GNU.tar.Z           make,grep,tar,gzip,gunzip
       standard.5.7.tar.gz       基本程序包，单点计算
       grad.5.7.tar.gz           分析梯度包，几何优化
       parallel.5.7.tar.gz       并行CI包
       global_arrays.tar.gz      global arrays工具箱v2.4
       turbocol.5.7.tar.gz       AO-direct SCF/MCSCF/CI代码
       再加上安装脚本install.automatic和包含升级信息与技术问题的README.1st文

件。
    3. 安装。COLUMBUS在linux下支持两种machine_id：linux和linuxegcs。前者用g7

7/gcc编译，后者用egcs编译。我以前一直选择linux，安装十几次总不成，后来machin

e_id换成linuxegcs就成功了，所以推荐使用linuxegcs。假定下载的COLUMBUS压缩文件

位于目录：/usr/COLUMBUS.5.7，在COLUMBUS.5.7目录下输入命令：
       ./install.automatic -p linuxegcs standard grad cpan direct
       注意standard grad cpan direct的顺序不要弄错。因为大多数PC机是单CPU，不

支持并行计算，所以上面的命令没有安装parallel。如果计算机支持并行计算，在上面

命令的grad后面加上parallel，空格隔开。
       开始安装。期间不断提出问题，直接按<ENTER>键默认即可。安装需要大约一个

半小时。
    4. 运行COLUMBUS。安装完毕，会在COLUMBUS.5.7目录下建立一个子目录Columbus.

5.7，在这个目录中，colinp是交互式输入工具，用于定义波函和计算类型，并对各输入

模块书写各种输入文件。runc是组织整个计算的脚本。它依赖于由colinp产生的输入文

件的全部设置。
       进入Columbus.5.7，输入以下命令：
       ./colinp
       就进入了COLUMBUS输入界面。如果出错，则是因为没有设置环境变量COLUMBUS。

设置命令为：
       /bin/csh
       setenv COLUMBUS /usr/COLUMBUS.5.7/Columbus.5.7   （第三部分是colinp文

件路径，根据实际情况更改）
       如果安装了bsh，则可以设置为：
       /bin/bsh
       COLUMBUS=/usr/COLUMBUS.5.7/Columbus.5.7
       export COLUMBUS
       以后每次开机，都要设置colinp的路径，为避免这种情况，可以把上面任意一种

设置方法加入到系统的profile文件中。以后可以随时调用colinp。
       现在可以运行colinp了。colinp类似于DOS下的菜单界面，如图所示。
******************************************************************************


                              COLUMBUS INPUT FACILITY
                                  main menu options
->   1) Integral program input (for argos/dalton/turbocol)
     2) SCF input
     3) MCSCF input
     4) CI input
     5) Set up job control
     6) Exit the input facility


                           Version 0.93, 11/15/00 tm & md
(All)  h)elp ?)item-help q)uit u)p b)egin e)nd r)efresh

*****************************************************************************

光标正停在1）上。和G98W那种图形界面当然没法比，但是比起大多数纯字符输入的量化

程序，还是方便了一些。接下来就输入指令吧。
    如果还有问题，那就看README.1ST文件吧。

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║★★★★★友谊第一  比赛第二★★★★★║
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