Chemistry 版 (精华区)

发信人: loafer (快乐的化身), 信区: Chemistry
标  题: 免费量化软件（二）[转]
发信站: 哈工大紫丁香 (Mon Jun 30 21:32:45 2003)

发信人: neweroica (新英雄), 信区: Chemistry
标  题: 免费量化软件（二） 
发信站: 北大未名站 (2003年01月05日14:40:28 星期天) , 站内信件

免费量化软件（二） 
注：
1. 未经说明，一律用于各类Unix平台，包括装有Linux的PC机上。
2. 以能够对分子结构进行从头计算和半经验计算的软件为主。
3. 显示分子模型的软件没有包括在内，除非与列出的软件有密切关系。
4. 中文说明仅做参考。有些术语翻译得不一定准确，请参看相应主页上的原文。

按字母顺序排列：A-C D-F G-L M-N O-Z 其它 


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D-F 
DACAPO 

主页：http://www.fysik.dtu.dk/CAMP/dacapo.html

获得方法：直接下载。
http://www.fysik.dtu.dk/CAMP/CAMPOS_access.html

简介：
DAPACO是基于密度泛函理论计算总量的程序。它对价电子态使用平面波基组，用Vanderbi
lt
 ultrasoft赝势描述核-电子间相互作用。程序对局域密度近似（LDA）和各种广义梯度近
似
（GGA）交换势使用态-ART迭代算法进行自恰计算。程序可以进行分子的动力学/结构驰豫
，
同时在密度泛函理论内解薛定谔方程。支持多种硬件平台，即可进行并行又可进行串行计
算
。
程序的代码现在已经从Fortran77升级到Fortran90。当前版本由简单易用的Python工具外
部
控制。

功能：（见上）

Dalton

主页：http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/ 和
http://www.sdsc.edu/dalton/dalton.html

获得方法：传真或邮寄申请，获得账号和密码后就可以下载。 
简介：
Dalton量化软件包功能十分强大，用SCF，MP2或MCSCF波函计算分子的特性，其中主要在于
磁
特性和（含频率的）电特性领域。以及用来研究分子的势能曲面。
Dalton和另一个免费的量化软件DIRAC的输入文件结构基本是类似的。Dalton的部分功能包
含
在COLUMBUS中，用作分子坐标输入工具。
Dalton目前可用的版本尚不包含密度泛函理论。包含DFT的Dalton正在测试中。最近新推出
了
1.2版，增加了以下功能：1. 耦合簇；2. 非平衡溶剂；3. 二级偏振传播近似（SOPPA）；
4
. 组态态函数（CSF）；5. 原子平均场近似（AMFI）；6. 有效核势（ECP）；7. Douglas
-K
roll标量相对论哈密顿量；8. 线性耦合模块；9. 振动平均；10. 磁的圆二色性；11. 双
光
子吸收；12. 溶剂几何优化；13. 文件分割；14. RESPONSE模块的重新计算功能；15. 增
加
了计算结果可视化工具

功能：
普通特性
一级和二级几何优化
寻找过渡态的二级方法
限定的几何优化
普通数值导数 
SCF代码
到可视化程序的界面 (GAMESS，Molden和VRML) 
有效核势
分子积分
矢量化和并行积分代码
使用笛卡尔和球高斯基组
任意角动量的基组
可以操纵片断和普通收缩基组
容易扩充的大基组库
允许用户输入基组
支持EMSL基组库
探测完全点群对称性，使用D2h 和其子群
可以计算所有标准的单、双电子积分
P-超级矩阵
非标准的单、双电子积分列表：
单、双电子自旋-轨道积分
任意级别的多重积分 
完全和顺磁自旋-轨道积分
Fermi-接触和自旋-偶极积分
实数值和虚数值单电子积分
波函
RHF和开壳层ROHF 
推广休克尔或核哈密顿量起始轨道
DIIS，Roothaan或二次收敛方法
自动的Hartree-Fock占据
完全的和固定的 (QC) 完全活性空间 (CAS)或限制活性空间(RAS)波函
组态态函数(CSF)或行列式基
激发态和核孔
完全组态相关代码
几个耦合簇波函
SCF/MCSCF分子特性
线性(单重/三重)，二次(单重/三重)，和立方(单重)含频率响应特性 
线性二级极化传播近似 (SOPPA) 
双-、三-光子过程
NMR特性
圆二色性特性(ECD，VCD，ROA) 
测量起始独立的磁特性
直接动力学
溶液环境的自恰反应场
耦合簇（CC）能量和分子特性
基态能量CCS，CC2，CCSD，CCSD(T)，CC3，以及MP2 
基态一级特性：在CCS(=SCF)，CC2，MP2和CCSD级别上的偶极矩和四极矩，核电场分布和梯
度
的二极矩，以及标量相对论单电子修正 
在CCS，CC2，MP2和CCSD级别上基态的相对论双电子Darwin修正 
激发能：单重：CCS，CC2，CCSD，CC3；三重：CCS，CC2，CCSD
线性，二次和立方响应函数的谐振强度，跃迁矩和强度，吸收强度 (CCS，CC2，CCSD) 

在CCS，CC2和CCSD级别上的线性，二次和立方响应函数特性及其散射系数 
磁的圆二色性 (CCS，CC2，CCSD) 
激发态之间的双光子跃迁矩(CCS，CC2，CCSD)
单重激发态的含频率二级特性(CCS，CC2，CCSD)
溶剂模型的穴耦合簇自恰反应场计算 
分子梯度，以及分析梯度的几何优化 (CCS，CC2，MP2，CCSD) 

平台：各类Unix/Linux，Win98和WinNT（Windows操作系统不正式支持，需要商业编译器，
自
行编译）
注意：如果在Windows下解压缩的话，有些基组的文件名不支持。

资源：用DALTON计算激发态


DeFT

主页：http://www.chem.uottawa.ca/DeFT.html 

获得方法：直接下载。

简介：密度泛函程序。

功能：（见上）

平台：各类Unix/Linux

注：最近已经不能访问。可以从这里下载（内含使用说明），或到教育网内搜索：

ftp://202.112.55.83/freebsd/packages-4.2-release/All/deft-2.2_1.tgz


DFT++

主页：http://dft.mit.edu/dft++/

获得方法：直接下载。
http://dft.mit.edu/dft++/src/

简介：
从名字就看出来了，DFT++是密度泛函类从头计算的软件。 
功能：（见上）

Dirac

主页：http://dirac.chem.sdu.dk/

获得方法：传真或邮寄申请，获得账号和密码后就可以下载。

简介：
DIRAC是Fortran（以及一点C）语言的代码，用于基于Dirac-Coulomb哈密顿量的相对论分
子
计算。

功能：
1. 使用以下哈密顿量：
四分量Dirac-Coulomb（默认）
Levy-Leblond（非相对论限制的四分量算符）
使用修正Dirac方程的自旋限制哈密顿量
八种不同的ZORA
2. 支持收缩与非收缩基组
3. Dirac-Hartree-Fock模块
直接SCF
使用的对称性方案提供分子最大点群（D2h及其子群），时间反转对称性用于减少计算量。

闭壳层和开壳层（组态平均）Dirac-Hartree-Fock
波函分析：穆里肯布居数分析，投影分析
特性模块：一级特性，如偶极矩和电场梯度；二级特性，如极化率和NMR参数
4. 直接MP2能量模块
5. 耦合簇CCSD/CCSD(T)模块（Molfdir的接口）
MP2/CCSD/CCSD(T)能量
SCF和MP2级别的期望值
SCF级别的线性响应 
6. 组态相关CI模块（Molfdir的接口）
7. 几何优化模块
DHF和HF的分析梯度 
MP2和CCSD 的数值梯度
8. Dirac-Hartree-Fock，分子四分量转换，MP2能量和线性响应的并行模块

资源：Dirac安装说明（中文）

DoD Planewave

主页：http://cst-www.nrl.navy.mil/people/singh/planewave/v3.0/

获得方法：发E-mail联系。singh@dave.nrl.navy.mil

简介：
DoD Planewave是密度泛函代码，处理绝缘体，半导体，金属和磁性物质。当前版本(DoD 
Pl
anewave v3.xx）使用局域密度近似进行自恰电子结构，总能量和力的计算，还具有结构优
化
和分子动力学模拟的功能。

功能：（见上）

平台：SP2，SGI Orgin 2000

DYNAMO

主页：http://www.ibs.fr/ext/labos/LDM/projet6/welcome_fr.htm

获得方法：在线注册。

简介：DYNAMO是Fortran 90模块库，使用分子动力学（MM）和混合量子力学(QM)/MM势能函
数
，用于模拟分子体系。

功能：
AM1，MNDO和PM3半经验QM哈密顿量
OPLS-AA MM力场
能量计算 
几何优化
寻找过渡态
反应路径计算
简正模式分析
特性计算（电荷和偶极矩）
分子动力学计算
Langevin动力学计算
蒙特卡罗（Monte Carlo）计算
各种“软”几何结构限制
各种分析工具

Ecce

主页：http://www.emsl.pnl.gov:2080/docs/ecce/index.html

获得方法：添好申请表，寄给：ecce-support@emsl.pnl.gov 

简介：Ecce由一套基于X Window系统应用程序的分布式客户机/服务器UNIX组成，提供完善
的
图形用户界面，量化计算可视化工具和数据管理系统。

功能：
1. 支持建立分子模型
2. 提供量化计算图形用户界面（GUI）。支持的代码有：NWChem，Gaussian 94/98。
3. 用于基组选择的GUI。基组库中目前包含了140种以上的机组。
4. 支持远程计算。
5. 支持的分子特性计算包括：振动频率，分子轨道，分子密度，偶极、四极矩，Mullike
n电
荷，几何优化和能量。 

平台：运行Solaris 2.6，Solaris 2.8的Sun SparcStation，运行RIX 6.5的SGI。LINUX工
作
站版即将推出。

EZWAVE

简介：图形界面的fhi98md。正在调试中。使用说明见：
http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/JG/E5PS.htm

平台：Windows

FHI98md 

主页：http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/fhi98md/

获得方法：直接下载。（不包括源代码，源代码需付费）
http://theowww.rz-berlin.mpg.de/~fhicp/download/demo/

简介：
FHI98md对绝缘体到过渡金属等材料进行密度泛函总能量计算，使用赝势和平面波基组。执
行
局域密度近似和广义梯度近似的交换和相关。内存要求低，可以有效地在低配置的PC机和
高
性能计算机上运行。

功能：
用原子轨道快速初始化
原子驰豫
有限温度下的分子动力学
偶极修正
电场
寻找电子基态
LDA，GGA和PBE XC泛函
各种输出程序：（电荷密度，静电和有效势，3D-和XY-平均）
自动的输入生成程序
其它工具

平台：各类Unix/Linux，WinNT

相关软件：fhi98PP, EZWAVE, XCrySDen

fhi98PP

简介：赝势基组生成程序。

地址：http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/fhi98md/fhi98PP/index.html

获得方法：直接下载。
http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/fhi98md/download/index.html#fhipp 
 
  


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哀公问曰：“何为则民服？”
孔子对曰：“举直错诸枉，则民服；举枉错诸直，则民不服。”

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