Chemistry 版 (精华区)

发信人: loafer (快乐的化身), 信区: Chemistry
标  题: 免费量化软件（五）[转] 
发信站: 哈工大紫丁香 (Mon Jun 30 21:34:30 2003)

发信人: neweroica (新英雄), 信区: Chemistry
标  题: 免费量化软件（五） 
发信站: 北大未名站 (2003年01月05日14:42:38 星期天) , 站内信件

免费量化软件（五） 
注：
1. 未经说明，一律用于各类Unix平台，包括装有Linux的PC机上。
2. 以能够对分子结构进行从头计算和半经验计算的软件为主。
3. 显示分子模型的软件没有包括在内，除非与列出的软件有密切关系。
4. 中文说明仅做参考。有些术语翻译得不一定准确，请参看相应主页上的原文。

按字母顺序排列：A-C D-F G-L M-N O-Z 其它 


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O-Z 
Paratec

主页：http://www.nersc.gov/research/SCG/Andrew/man4/man4.html 

获得方法：与Andrew Canning（canning@nersc.gov）联系，得到密码才能下载。

简介：
赝势平面波DFT代码，可用各种泛函做并行计算。代码本身带有可视化功能。

功能：（见上）

平台：Single-Node RS6000，IBM SP2，SGI PowerChallenge，T3E，DEC Alpha

PEtot

主页：http://www.nersc.gov/~linwang/PEtot/PEtot.html 

获得方法：直接下载。

简介：基于密度泛函理论的用于原子总能量计算的并行平面波赝势程序。

功能：（见上）

平台：大型并行计算机，如Cray T3E和IBM SP

POLYMER 

主页：
1. POLYMER 1.0
http://www.qtp.ufl.edu/~hirata/polymer.html 
2. POLYMER 2.0
http://www.qtp.ufl.edu/~hirata/polymer20.html 

获得方法：
直接下载。下载后请通过E-mail通知原作者。（2.0版本源代码即将发布，尚不能下载。）


简介：
1. POLYMER 1.0
晶体轨道从头计算和聚合物无穷一维网格密度泛函程序。 
2. POLYMER 2.0
晶体轨道从头计算和聚合物无穷一维和二维网格密度泛函程序。

功能：
1. POLYMER 1.0
单点能：
Hartree-Fock(HF)理论
二级多体微扰理论(MBPT2) 
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)
单组态相关(CIS)理论
含时间Hartree-Fock (TDHF)理论
含时间密度泛含理论(TDDFT) 
激发能的多体微扰/Green函数理论(MBPT2/CIS, Dyson2/CIS) 
优化有效势(OEP)或严格轨道交换(EXX)方法（只用于分子）
行列式一般级别的组态相关(CI)，多体微扰(MBPT)和耦合簇(CC)方法（只用于分子）

能量梯度分析：
Hartree-Fock(HF)理论
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)

其它特性： 
双电子积分直接硬盘求值
几何优化
对于SCF和几何优化的直接转置迭代子空间(DIIS)外推
HF，DFT和MBPT2恒等积分近似的求解
MBPT2和Dyson2准粒子能量键结构
能量和Fock矩阵的多级展开修正

2. POLYMER 2.0
i)零维网格（原子和分子）。
单点能：
Hartree-Fock(HF)理论
多体微扰理论(MBPT2和MBPT3) 
耦合簇理论(CCD, LCCD, ACCD, CCSD, QCISD, 和LCCSD)
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)
单组态相关(CIS)理论
含时间Hartree-Fock (TDHF)理论 
含时间密度泛含理论(TDDFT) 
激发能的多体微扰/Green函数理论(MBPT2/CIS, Dyson2/CIS) 
优化有效势(OEP)或严格轨道交换(EXX)方法
行列式一般级别的组态相关(CI)，多体微扰(MBPT)和耦合簇(CC)方法
行列式一般级别的耦合簇微扰理论(CCPT)

能量梯度分析：
Hartree-Fock(HF)理论
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)

ii)一维网格（聚合物）。
单点能：
Hartree-Fock(HF)理论
多体微扰理论(MBPT2和MBPT3) 
耦合簇理论(CCD, LCCD, ACCD, CCSD, QCISD, 和LCCSD)
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)
单组态相关(CIS)理论
含时间Hartree-Fock (TDHF)理论
含时间密度泛含理论(TDDFT) 
激发能的多体微扰/Green函数理论(MBPT2/CIS, Dyson2/CIS) 

能量梯度分析：
Hartree-Fock(HF)理论
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)

iii)二维网格（板面）。
单点能：
Hartree-Fock(HF)理论
局域和梯度修正以及混合密度泛函(DFT)

能量梯度分析：
Hartree-Fock(HF)理论

其它特性： 
双电子积分直接硬盘求值
几何优化
对于SCF和几何优化的直接转置迭代子空间(DIIS)外推
HF，DFT和MBPT2恒等积分近似的求解
MBPT2和Dyson2准粒子能量键结构
能量和Fock矩阵的多级展开修正
二维体系的快速多级展开修正 平台：IBM RS/6000（Fortran 90编译器）或SP2（C shell
 s
cript）

POLYRATE

主页：http://comp.chem.umn.edu/polyrate/ 

获得方法：打印填好许可文件，发传真，得到有下载密码的email。

简介：POLYRATE是计算多原子分子（也包括原子、双原子分子的特例）的化学反应速率的
程
序，使用变分或传统的过渡态理论。POLYRATE使用其它程序计算的数据作为输入(例如GAM
ES
S或Gaussian的结果可以用作POLYRATE的输入)，计算额外的信息。

功能：（见上）

平台：IBM SP with PowerPC 604e 处理器 (AIX 4.3.1)，Silicon Graphics Power Chal
le
nge L with R10000 (IRIX 6.5)

Pseudopotential程序

主页：http://bohr.inesc.pt/~jlm/pseudo.html 

获得方法：直接下载。

简介：
Sverre Froyen (U.C. Berkeley)和Norm Troullier开发的赝势生成程序。有一个测试过的
L
DA程序，用于构造各种泛函的Troullier-Martins，Hamann-Schluter-Chiang，和Kerker赝
势
（球平均，半相对论）。还有一个扩展到GGA级别的新版本。

功能：（见上）

平台：各种Unix

PWSCF & PHONON

主页：http://www.sissa.it/cm/PWcodes/info/ （说明文档） 

获得方法：直接下载。http://www.sissa.it/cm/PWcodes/ 

简介：PWSCF是通用电子结构代码，用平面波赝势(PWPP)方法执行密度泛函总能量计算。P
HO
NON是线性响应PWPP代码，使用密度泛函微扰理论计算固体的振动特性。

功能：PWSCF的特性：自旋极化LDA和GGA泛函，结构优化，分子动力学。

平台：Unix/Linux。

QMView

主页：http://www.sdsc.edu/QMView/ 

获得方法：不详。请与软件作者联系。

简介：
GAMESS(US)的图形用户界面，兼有观察计算结果显示分子模型的功能。

平台：Unix，WINDOWS 9x/NT

RACAH 

主页：http://www.physik.uni-kassel.de/fritzsche/programs.html 

获得方法：直接下载。 

简介：
计算原子光谱精细结构的Maple程序。能够处理LS-耦合和jj-耦合。

功能：（见上）

range energy code 

主页：http://ultraman.ssl.berkeley.edu/~weaver/dedx/ （程序说明） 

获得方法：直接下载。
ftp://underdog.ssl.berkeley.edu/pub/dedx/ 

简介：
精确求解Dirac方程，计算锕系和可能包含超重元素的亚锕系宇宙射线的电离能损失。

功能：（见上）

平台：只用于SunOS和Linux，需要C编译器。

RATIP

主页：http://www.physik.uni-kassel.de/fritzsche/programs.html 

获得方法：直接下载。 

简介：
从用相对论系统化研究原子的工具GRASP92扩充而来。GRASP92界面友好，研究原子特性，
包
括能级能量，超精细结构，辐射跃迁几率。
RATIP可以计算原子的跃迁和电离特性。软件包使用原子态扩展到行列式基的放松轨道组，
进
行跃迁几率，俄歇率，角分布参数以及光电离交叉部分的计算。

功能：（见上）

SIESTA

主页：http://www.uam.es/departamentos/ciencias/fismateriac/siesta/ 

获得方法：发email给siesta@polar.fmc.uam.es，会把源代码发到你的信箱。其中交换-相
关
源程序xc.f可以直接下载。 

简介：
SIESTA用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟。它在局域密度近似(LDA-LSD)和
广
义梯度近似(GGA)中使用标准的Kohn-Sham自恰密度泛函方法，除了提供的基组，还可以使
用
ABINIT的赝势基组。Fortran 77编写，目前还不支持并行计算。

功能：
可以计算总能量和局部能量，原子力，应力张量，电偶极矩，原子、轨道和键的Mulliken
布
居数分析，电子密度。它还可以计算（某些选项不兼容）恒温分子动力学，可变单元动力
学
，自旋极化计算，布里渊区域的k取样。

平台：Unix/Linux

STUTTGART TB-LMTO-ASA

主页：http://www.mpi-stuttgart.mpg.de/andersen/LMTODOC/LMTODOC.html 

获得方法：发e-mail给o.jepsen@fkf.mpg.de 

简介：线性muffin-tin轨道（LMTO）方法的程序。 

功能：（见上）

平台：UNIX

TheRate

主页：http://therate.hec.utah.edu/index.html 

获得方法：在线填写注册单，获得密码后下载。

简介：图形用户界面（GUI）软件。它是一个高级研究工具，还可以用作量子化学和动力学
课
程的直观教学工具。

功能：TheRate由从头计算和/或密度泛函理论的电子结构分子轨道，计算单分子和双分子
的
气相反应的理论速率常数。当前，TheRate 1.1使用Gaussian 94的输出作为输入，因此必
须
可以访问Gaussian 94。

平台：Mac OS，Linux，SGI IRIX和Windows。

TRITON

主页：http://www.chemi.muni.cz/lbsd/triton.html

获得方法：在线申请，收到有账号和密码的电子邮件后就可下载。

简介：
蛋白质变异模型和评估其活性的X Window图形界面软件。包含MOPAC插件。

功能：
蛋白质变异模型，反应路径计算。

平台：Unix/Linux

Visualize

主页：http://www.compbio.net

获得方法：填好注册表后就可以下载。

简介：
专门为Gamess设计的用户界面，使得结构与命令的输入更简单，但是菜单的功能比较少，
计
算的结果可以用三维图形显示出来。同时还有蒙特卡罗方法。

平台：Windows


WebMO

主页：http://www.webmo.net/ 

获得方法：在线注册，收到有账号和密码的电子邮件后下载。

简介：WebMO是基于World Wide Web界面的计算化学软件包。它需要安装在一台网络服务器
上
，并且这台计算机上安装了一些计算化学软件，在客户机上不需要安装软件。演示版每个
计
算不能超过180 CPU秒，之后会中断。专业版无此限制（但却是商业软件）。支持的浏览器
有
Netscape 4.07+ (PC, unix)，IE 4.0+ (PC, unix)和HotJava 3.0+ (PC, Macintosh)。


功能：
1. 3D java编辑器绘制分子结构，运行计算和观察结果全部在网络浏览器中。
2. 支持的量化软件有Gaussian 94，Gaussian 98，MOPAC，MOPAC 2000和GAMESS

平台：各类Unix/Linux

WinMOPAC 7.2.1

主页：http://www.psu.ru/science/soft/winmopac/

获得方法：直接下载。

简介：
这可不是商业软件WinMOPAC。它有简单图形界面，同时具有显示分子模型的功能。

功能：
进行半经验计算。

平台：Windows

XCrySDen

主页：http://crystal.ijs.si/kokalj/xc/ 

获得方法：填写申请表，获得下载的账号和密码。

简介：显示晶体结构的程序。

功能：
特性分析
提供晶体从头计算程序CRYSTAL95/98的图形用户界面
晶体从头计算程序WIEN97的晶体结构可视化，产生二维/三维电子密度，生成用于键结构图
的
k-栅格
FHI98MD程序的晶体结构可视化

平台：各类Unix，要求有X-window支持。

XVibs

主页：http://members-http-1.rwc1.sfba.home.net/yeldar/xvibs/

获得方法：直接下载。

简介：分子振动计算的驱动工具。可以自动从Aces2，Gamess，PC Gamess，Gaussian 90/
92
/95/94/98，ADF，Dalton，Jaguar和MOPAC的计算结果中读取简正模式。输出结果以XYZ格
式
对每个原子显示简正模式矢量。

功能：（见上）

平台：Unix/Linux
 
  


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哀公问曰：“何为则民服？”
孔子对曰：“举直错诸枉，则民服；举枉错诸直，则民不服。”

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