Chemistry 版 (精华区)

发信人: Appolo (want come back my friends ), 信区: Chemistry
标  题: 运行Gaussian
发信站: BBS 哈工大紫丁香站 (Fri Nov 12 22:24:15 2004)

Unix/Linux平台
运行Gaussian前要设置好运行参数，比如在C Shell中，需要加这两句
setenv g94root directory   / directory指程序的上级目录名
source $g94root/g94/bsd/g94.login
然后运行就可以了。比如有输入文件h2o.com，采用C Shell时的运行格式是：
g94 <h2o.com >h2o.log
在Unix系统中，输入文件是.com为扩展名的，输出文件为.log；
Windows平台
图形界面就不用多说了
输入输出文件介绍
在Windows系统中，输入文件是.gjf为扩展名，输出文件为.out。
下面是一个输入文件
#T RHF/6-31G(d) Test
My first Gaussian job：water single point energy
0 1
O  -0.464  0.177  0.0
H  -0.464  1.137  0.0
H   0.441 -0.143  0.0
第一行以#开头，是运行的说明行，#T表示指打印重要的输出部分，#P表示打印更多的信息
。
后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法，这里要输入计算所选用的理论方法。
6-31G(d)是计算所采用的基组，就是用什么样的函数组合来描述轨道。
Test是指不记入Gaussian工作档案，对于单机版没有用处。
第三行是对于这个工作的描述，写什么都行，自己看懂就是了。
第二行是空行，这个空行以及第四行的空行都是必须的。
第五行的两个数字，分别是分子电荷和自旋多重度。
第六行以后是对于分子几何构性的描述。这个例子采用的是迪卡尔坐标。
分子结构输入完成后要有一个空行。
对于Windows版本，程序的图形界面把这几部分分得很清楚。输入时就不要添空行了。
输出文件
输出文件一般很长，对于上面的输入文件，其输出文件中，首先是版权说明，然后是作者
，Pople的名字在最后一个。
然后是Gaussian读入输入文件的说明，再将输入的分子坐标转换为标准内坐标，这些东西
都不用去管。当然，验证自己的分子构性对不对就要看这个地方。
关键的是有SCF Done的一行，后面的能量可是重要的，单位是原子单位，Hartree，    1
 Hartree= 4.3597482E-18 Joules或 =2625.500 kJ/mol=27.2116 eV；再后面是布居分析
，有分子轨道情况，各个轨道的本征值(能量)，各个原子的电荷，偶极距。然后是整个计
算结果的一个总结，各小节之间用\分开，所要的东西基本在里面了。
然后是一句格言，随机有Gaussian程序从它的格言库里选出的(在l9999.exe中，想看的可
以用文本格式打开这个文件，自己去找，学英语的好机会)。[1]
然后是CPU时间，注意这不是真正的运行时间，是CPU运行的时间，真正的时间要长一些。
如果几个工作一起做的话(Window下好像不可能，Unix/Linix下可以同时做多个工作)，实
际计算时间就长很多了。
最后一句话，"Normal termination of Gaussian 94"很关键，如果没有这句话，说明工作
是失败的，肯定在什么地方出错误了。这是这里应该有出错信息。
根据输入文件的设置，输出文件还要多一些内容，上面的是基本的东西。

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http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/nami/image/5997203.gif


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