Chemistry 版 (精华区)

发信人: loafer (快乐的化身), 信区: Chemistry
标  题: 剑桥晶体结构数据库(CSD, 有机、金属有机物)[zz]
发信站: 哈工大紫丁香 (Sun Sep  7 22:04:16 2003)


剑桥晶体结构数据库(CSD, 有机、金属有机物) 

【URL】 http://www.ccdc.cam.ac.uk/

【数据内容】
     The Cambridge Structural Database (CSD) contains crystal structure 
information for over 257,000 organic and metal organic compounds. All of 
these crystal structures have been analysed using X-ray or neutron 
diffraction techniques. 

For each crystallographic entry in the CSD there are three distinct types 
of information stored. These are conveniently categorised in terms of their 

"dimensionality". 

1D Information

These data fields incorporate all of the bibliographic material for the 
particular entry and summarise the structural and experimental information 
for the crystal structure. The text and numerical information includes the 
authors' names, compound name and the full journal reference, as well as 
the crystallographic cell dimensions and space group. Polymorphic form, 
absolute configuration, drug or biological activity etc. are also included 
where applicable. 

2D Information

A conventional chemical diagram of the molecule is stored in this 
information field. This is encoded as a chemical connection table 
comprising atom and bond properties. Atom properties include element 
symbol, number of connected non-hydrogen atoms, number of connected 
hydrogen atoms, and the net charge. Seven different bond types can be 
specified in bond properties. 

3D Information

A 3D representation of the molecule can be generated from the information 
stored in this field. This data includes the atomic coordinates, the space 
group symmetry, the covalent radii and the crystallographic connectivity 
established by using those radii. The 3D representation is matched with the 

2D chemical structure. 

DATABASE STATISTICS, April 2002 

3D Coordinates Determined 
89% of CSD structural entries have atomic coordinates. 

Absolute Configuration 
Absolute configuration has been determined for 2% of entries in the CSD. 

Colour 
62% of entries in the CSD contain colour information. 

Compound Name Keywords Indicating Structure Type 
The numbers of entries containing these keywords are: 

Keyword: Number of entries 

dinucleotide: 49 
trinucleotide: 3 
retropeptide or retro-peptide: 10 
pseudopeptide or pseudo-peptide: 12 
clathrate: 4327 
cyclophan(e): 993 
calixaren(e): 1224 
catenan(e): 184 
rotaxan(e): 172 
trefoil knot: 5 
fuller(ene): 346 
radical: 397 
electride: 8 

Crystal Form (Polymorphism) 
3% of entries in the CSD contain the word polymorph. 

Disordered Structures 
Of the structures which have been determined and for which atomic 
coordinates are available, 18% are disordered. 

Metal-Metal Bonds 
Structures containing metal-metal single bonds 9% 
Structures containing metal-metal multiple bonds 1% 

No Ions 
75% of CSD entries are non-ionic. 

Not Polymeric 
95% of CSD entries are non-polymeric. 

Only Organics 
45% of CSD entries belong to this category. 

Only Organometallics 
55% of CSD entries belong to this category. 

Pi-Bonds 
13% of entries contain pi-bonds. 

Radiation Source 
99.6% of entries in the CSD correspond to X-ray studies; the remaining 0.4% 

correspond to neutron studies. 

R-factor within Preset Range 
R-factor < 0.050 50% 
R-factor < 0.075 81% 
R-factor < 0.100 91% 

Structures with Unresolved Errors 
Of the structures which have been determined and for which atomic 
coordinates are available 1.7% contain unresolved errors. 

Temperature of Structure Determination 
23% of the entries correspond to non-room-temperature studies. 

【备注】
     国内欲使用CSD的用户，请联系

中国科学院过程工程所

温浩 研究员

Tel: 010-62626704
E-mail: hwen@ns.icm.ac.cn 

--
           ----       归零       ----        






※ 来源:．哈工大紫丁香 bbs.hit.edu.cn [FROM: 218.9.121.7]